拉卡拉POS机申请刷支付宝的费率如果为0.38%，那么在刷5000元时，手续费计算方式如下：

手续费 = 交易金额 × 费率
= 5000 × 0.38%
= 5000 × 0.0038
= 19元

因此，刷5000元支付宝时，会被扣除19元的手续费。这个费率是相对比较优惠的，适用于多数日常消费场景。但请注意，费率可能会根据市场情况、支付机构政策或商户类型等因素有所调整，建议在实际使用前与拉卡拉官方或相关支付机构确认最新的费率信息。