使用拉卡拉POS机扫描支付宝二维码的步骤如下：

1. 打开拉卡拉POS机，输入账户管理员账号01、密码0000。
2. 点击“确认”按钮，进入菜单管理界面。
3. 点击“2.扫描”进入扫描界面。
4. 输入交易金额，点击确认。
5. 打开支付宝的支付码，选择需要扫码交易的账户（信用卡、借记卡或余额）。
6. 使用拉卡拉POS机摄像头扫描支付宝支付码，完成自动支付。

关于手续费，拉卡拉POS机支付宝扫码交易的手续费通常按照交易金额的一定比例收取，费率通常为0.38%左右。即每交易1000元，手续费大约为3.8元。不过，拉卡拉有权根据市场情况、运营成本等因素对费率进行调整。因此，商户在申请或使用POS机时，应咨询最新的费率政策，以确保了解并接受当前的费率标准。

此外，商户在使用拉卡拉POS机时可能还需要支付其他费用，如设备押金、维护费、通讯费等，以及按年收取的流量费。这些费用因商户类型、设备型号、合作方式等因素而异，具体需与拉卡拉进行协商确定。

请注意，在使用拉卡拉POS机进行支付宝扫码交易时，应确保POS机功能正常、网络通畅，并遵守支付宝和拉卡拉的相关规定和操作要求。