拉卡拉POS机申请时并不需要缴纳99元。作为一家知名的支付服务提供商，拉卡拉致力于为商户提供便捷的支付解决方案，并没有收取申请费用的规定。

但请注意，申请拉卡拉POS机可能涉及一些其他的费用。比如，需要缴纳一定的保证金，该保证金是商户使用拉卡拉POS机期间的费用和服务保证，其数额因商户的经营规模不同而有所差异，一般在2000元至5000元之间。商户还可能需要支付维护费用，主要用于拉卡拉POS机的设备更新、日常维护以及售后服务支持等。另外，商户每笔交易还会产生一定的手续费，手续费的具体金额会根据交易金额和交易类型的不同而有所差异。

然而，在某些情况下，99元可能作为运营服务费或押金出现。这通常适用于新用户激活拉卡拉POS机，用于提高POS机的使用率。如果用户在规定的时间内，刷卡消费达到一定的金额，押金会退还给用户。但需要注意的是，有些不良代理商可能会以各种理由拒绝退还押金或服务费，因此在申请拉卡拉POS机时，建议用户选择信誉良好的代理商，并仔细阅读相关合同条款，以避免因不合理的收费而造成损失。

综上所述，拉卡拉POS机申请本身并不需要缴纳99元，但可能会涉及其他类型的费用。在申请前，建议商户详细了解各项费用及规定，以确保自己的权益得到保障。